Als Ausgangspflanze für Agro-Diesel können verschiedene ölhaltige Pflanzensamen wie Raps, Sonnenblumen, Lein, Soja oder Palmfrüchte genutzt werden. Aus heimischer Erzeugung spielt vor allem Rapsöl eine große Rolle. Die Anbaufläche für Raps ist in Mitteleuropa allerdings begrenzt. Die Pflanze ist mit sich selbst unverträglich, kann also nur alle drei Jahre auf derselben Fläche angebaut werden. Zudem verträgt Raps keine starken Winterfröste und liefert nur gute Erträge bei günstiger Witterung und ausreichender Wasser- und Düngerversorgung. Daher wird Raps in der EU vor allem in klimatisch milderen Regionen (Seeklima) in Deutschland, Frankreich, Großbritannien und Polen angebaut. Aktuell ist der Rapsanbau trotz hoher Nachfrage und guten Erzeugerpreisen rückläufig, weil der Anbau anderer Früchte (Backweizen, Körnermais) den Landwirten höhere Gewinne verspricht.

Das Öl der europäischen Rapspflanzen wird aber nicht nur von der Agro-Dieselindustrie, sondern auch von der Lebensmittelindustrie nachgefragt. Weil es nicht wie Sojaöl aus den USA oder Argentinien gentechnisch verändert ist, wird es als wichtiger Bestandteil vieler Lebensmittel (z. B. Margarine) geschätzt.

Aufgrund der begrenzten Mengenverfügbarkeit von europäischem Rapsöl suchen Biodieselhersteller vermehrt nach anderen pflanzlichen Rohstoffen zur Agro-Dieselproduktion. Da auch der Import von Rapsöl aus Kanada inzwischen an seine Grenzen gestoßen ist, richtet sich der Blick immer stärker auf Palm- und Sojaöle.